Arquitecto graduado en la Universidad Politécnica de Milán y doctorado en el Instituto Universitario de Arquitectos de Venecia. Interesado en el medio ambiente, fundó Multiplicity, una agencia dedicada a la investigación del entorno físico, formada por arquitectos, geógrafos, artistas, urbanistas, fotógrafos, sociólogos, economistas y cineastas, entre otros perfiles profesionales, con el objetivo de crear estrategias de intervención y estudio del mundo urbano. Es fundador también de la plataforma theTomorrow para la promoción del intercambio de ideas sobre arte, migración, educación y creatividad de diferentes culturas.

En el 2008 creó Stefano Boeri Architetti (SBA), con sede en Milán y oficinas en Shanghái y Tirana. El estudio se dedica tanto a la investigación como a la práctica de la arquitectura y el urbanismo. Uno de sus proyectos más importantes es el conocido Bosque vertical de Milán (2014), galardonado con el premio al High Rise Building del Museo de Arquitectura de Frankfurt 2014 y el CTBUH Award en 2015 como el Mejor Edificio Alto. El trabajo de Boeri ha sido publicado en Domus, ICON, Lotus, 2G, Rusia Project, MIT Press, Harvard Design Magazine y el Corriere della Sera, entre otros medios.